此次发掘的托普鲁克敦3号佛寺遗址，面积800多平方米，其建筑形制在佛教建筑中非常罕见。遗址保存较好，地面、墙槽完好，有的房屋还残存高约1米的墙。该寺位于2号佛寺西北方。从2号佛寺西北角至3号寺院东南有宽约1.7米的土基道路相连。3号佛寺遗址为庭院廓房布局，呈“凹”字形，东西长约26米、宽24米，整个院落建筑在红烧沙土垒积的地基上。庭院北、西、南三边为畅通的长廓房，廓房后为四开间的房屋。房屋南侧中部靠墙有一用火台面，从形状看，可能为古代灶具。由于面积最大，可能是伙房兼餐厅。北侧为3间并排房屋，可能是寺院住持起居、储物的房间。由此可以看出，3号佛寺遗址为整个寺院重要的构成部分，是寺院住持和僧人起居、会客、学习、讲经、藏经和举行一些重要聚会活动的场所。而原先发现的2号佛寺遗址则为寺院的主佛殿，是寺院僧人和信众重要的礼佛和举行佛教法事的场所，相当于现代佛寺中的大雄宝殿。
3号佛寺遗址出土的壁画多属世俗题材，很少有佛教题材内容，其中有当地贵族或官员的形象，还有唐代内地人的形象，据分析可能为供养人。从遗址情况看，整个寺院或许毁坏于公元10世纪至11世纪。这从一个侧面反映了于阗公元6世纪至8世纪佛教发展的历程。
达玛沟托普鲁克敦佛寺遗址群的发现，有力地证明了佛教文化在新疆地区存在了1000多年的历史。专家指出，出于文物保护和发挥文化财富社会作用的考虑，应尽快规划达玛沟佛寺遗址群考古主题公园。这将对新疆的社会稳定与文化建设起到巨大作用。