江西省万年仙人洞遗址发现于20世纪60年代初。1962年2月间，江西省文物管理委员会考古队刘玲等人到万年县作考古调查，得到该县文化馆姜同志对这一洞穴的反映，即前往勘探，发现洞口地面暴露许多动物骨骼和大量泛白色螺壳，并采集到穿孔石器和砺石各1件，又在洞口右侧紧靠洞壁处，看到一大块胶结堆积，高约1.30米左右，断面上有不少动物骨髓，螺壳、蚌壳和少量的红砂陶，因此确认它是一处古代的洞穴地址。
      为了解这洞穴遗址的文化内涵，同年3月间，江西省文物管理委员会又派刘玲、陈克刚、杨厚礼、陈文华、郭远谓、李家和组成发掘组前去试掘，于洞口开了三个探方，历时50天，获得人工制品300余件，并发现烧火堆12处，人头骨3个，股骨4根，以及大量的动物骨骼等。
 
      这次试掘，在洞口的左右两侧开了三个探方，编号为T1、T2、T3，T1和T2分别位于洞口左右两侧靠洞壁处，T3靠近T4的东侧，面积为2×4米，合计28平方米。三个探方以T3堆积保存比较完整，文化层厚达2.30米。

      以T3北壁为例，地层分三大层，其中第一大层又分A、B两小层；第三大层分A、B、C层，这之中的B、C又分甲、乙两小层，堆积序列从上至下依次为①A、①B、②、③A、③B、③B甲、③B乙、③C、③C甲、③C乙层。

      ①A、①B层包含有大量螺壳、少量蚌壳、木炭屑、动物骨骼、陶片、穿孔蚌器和不少石灰岩碎块，但同时出有近代青花瓷片。

      第二大层含有夹砂红陶、夹砂灰陶、泥质红陶和灰陶，并有一件盘形陶鼎足，还有骨器、蚌器和粗磨石器，也有少量石灰岩块和大量动物骨髓、螺壳等。

      第三大层为仙人洞的主要原始堆积物，堆积厚度达1.80米，发现有大量动物骨骼和蚌器、骨器、石器、夹砂红陶片，以及人骨、头骨，还有白色灰烬和红烧土，石灰岩烧块及烧火堆。3C甲层出有人股骨1根，出土动物骨骼和文化遗物较多；3C乙层为深黄色砂土层，文化遗物等逐渐稀少其底部为原生黄砂土层。

      试掘报告执笔者郭远谓、李家和从地层和出土文化遗物分析，第一层出有近代扰乱坑和瓷片等，应为近代扰乱层；第二层出土篮纹泥质灰陶片和夹砂陶片，并有磨制石锛等，应为一个时期的文化堆积；第三层虽小层较多，但所出陶片均为饰绳纹的夹砂红陶，应属于同一时期的文化堆积。据此，他们把它分为两期，第三大层称之为第一期文化，第二大层称之为第二期文化。第一期文化中，有烧火堆遗迹；文化遗物有石器、骨器、牙角器和蚌器等共220余件(片)，还有人骨和动物骨骼，其中石器46件，打制石器24件，磨制石器16件，还有燧石片11件，石英片81件。陶器复原1 件圜底直口罐，陶片90余片，骨器36件，蚌器52件。人骨和动物骨骼，经中国科学院古脊椎动物与古人类研究所李有恒鉴定结果如下：

      人骨：头骨有颅顶骨1片，下颌骨1残块。压扁破碎的头骨1个，另有股骨一段，是属于成年男女和儿童四个个体的残骨。

      动物骨骼：多破碎，有不完整的头骨、躯干骨、趾骨、牙床、牙齿，还有介壳等，动物种属有：斑鹿、麋、野猪、羊、猕猴、猪獾、鼬、中国小灵猫、果子狸、野豹、猫、蚌壳、雕、鸡等十四种，介壳有厚壳蚌、矛蚌、河蚌和田螺，还有花龟、鳖和螃蟹等，其中以斑鹿占多数，次为糜、野猪，羊和鸟类也不少。

      第二期文化，有石器6件，未见打制石器，仅见磨制石锛等器。

      陶器残陶片56件，分红陶系和灰陶系。骨器4件，蚌器19件。动物骨骼能辨明种属的有鹿类和野猪、龟。

      此次发掘，学术界普遍认为这是华南地区最先发现的新石器时代早期遗址，开始引起人们的关注。
 
      为了进一步了解洞穴文化内涵，日后成立的江西省博物馆考古队，于1964年4月作了第二次发掘，历时35天，获文化遗物600余件，烧火堆10处，灰坑